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Proteomforschung: Einführung

Probenvorbereitung für die 2D-Gelelektrophorese

Theoretisch sollte es möglich sein, Proben ohne weitere Vorbereitung mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese zu analysieren. In der Praxis empfiehlt sich jedoch häufig eine vorhergehende Fraktionierung der Gemische, besonders wenn bestimmte Komponenten, wie beispielsweise Albumin im Plasma, in der Probe dominieren. Auch eine Abtrennung von einzelnen Organellen oder Membranfraktionen kann sinnvoll sein, um die Komplexität der Probe zu verringern.

Um alle Bestandteile der Probe in Lösung zu bringen müssen Detergenzien zum Einsatz kommen. Auch während der IEF dürfen sie nicht fehlen, denn manche Proteine - besonders die hydrophoben Membranproteine - neigen dazu, an den Gelstreifen zu haften und unlöslich zu werden. Sie können dann nicht mehr vollständig in die zweite Dimension überführt werden.

Zur Spaltung von Disulfid-Brücken innerhalb einer Polypeptid-Kette bzw. zwischen den Polypeptid-Ketten unterschiedlicher Proteinuntereinheiten werden die Proben mit schonenden Reduktionsmitteln wie Dithiothreitol (DTT) behandelt. DTT kann (abhängig vom pH-Wert) selbst geladen sein und kann daher mit den ebenfalls geladenen Proteinen interagieren und den Ablauf der IEF stören. In solchen Fällen ist eine Verwendung eines ungeladenen Reduktionsmittels wie Tributylphosphin angebracht.

Auch andere geladene Verunreinigungen wie beispielsweise Nucleinsäuren sollten nach Möglichkeit entfernt werden.

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