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Proteomforschung: Einführung

Sequenzierung mit Hilfe von Massenspektrometrie

Fingerprinting

Eine Möglichkeit, Proteine schnell zu identifizieren ohne sie zu sequenzieren ist das sogenannte Fingerprinting, auch "Peptide Mapping" genannt. Dazu werden die aus dem 2D-Gel ausgeschnittenen "Proteinspots" mit einem Enzym wie Trypsin, das definierte Bruchstücke erzeugt, verdaut und anschließend im Massenspektrometer analysiert. Man erhält eine für jedes Protein charakteristische Massenverteilung von tryptischen Peptiden, den sogenannten "Fingerabdruck" des Proteins. Mithilfe von Datenbanken, in denen die Massenspektren von tryptischen Peptiden unterschiedlicher Proteine abgelegt sind, lässt sich das untersuchte Molekül eindeutig identifizieren.

Abb.1

Die Abbildung zeigt die Aufnahme eines Massenspektrums mit einem MALDI-Gerät. Auf dem Computer-Bildschirm ist das Massenspektrum der tryptischen Peptide - der "Fingerabdruck " - des Proteins dargestellt. Der Video-Monitor rechts daneben zeigt die Oberfläche des Probenträgers. Der Laser brennt Löcher an den Stellen, an denen er die Probe trifft - für weitere Messungen wählt man deshalb Orte, an denen noch ausreichend Material vorhanden ist.

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