Proteomforschung: Einführung
Datenbanken zur Vernetzung genetischer Daten mit Stoffwechseldaten (Metabolismus-Datenbanken)
Die Erforschung der Stoffwechselwege erlaubt es, durch regulative oder genetische Manipulation des Metabolismus die biotechnologische Produktion in Zellkulturen oder Bioreaktoren zu optimieren. Die Identifizierung und Quantifizierung von niedermolekularen Verbindungen wird für die Analyse des Metabolismus von Pharmaka oder der Ermittlung wasserlöslicher Kontaminationen in biologischen Proben eingesetzt. Mithilfe der NMR-Spektroskopie werden Metabolitflüsse in vivo und in vitro untersucht mit der Absicht, den Metabolismus durch Gentechnik gezielt zu verbessern ("metabolic design").
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| Datenbank | Inhalt | Links |
|---|---|---|
| Metabolite | Information über den Metabolismus von organischen Verbindungen und Pharmazeutika (von besonderem Interesse für Pharmazeuten und Mediziner). | http://www.akosgmbh.de/Symyx/software/databases/metabolite.htm |
| Toxicity | Toxische Eigenschaften von über 145 000 chemischen Stoffen | http://www.akosgmbh.de/Symyx/software/databases/toxicity.htm |
| Comprehensive Medicinal Chemistry (CMC) | Datenbank biologisch aktiver Substanzen | http://www.akosgmbh.de/Symyx/software/databases/cmc-3d.htm |
| KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) | Gene, Genome, Stoffwechselwege, regulatorische Zusammenhänge | http://www.genome.ad.jp/kegg/ |
| Ribosomal Database Project II | Prokaryontische rRNA-Sequenzen (gegenwärtig 210.059 annotierte 16S rRNA Sequenzen) | http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp |
| ExPASy - | Enzymnomenklatur | http://www.expasy.ch/enzyme/ |
| EcoCyc | Encyclopädie der E. coli Gene und des Metabolismus dieses Bakteriums | http://ecocyc.org/ |
| WIT | Genome und Stoffwechselwege | http://www-unix.mcs.anl.gov/compbio/default.html |
| The University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation Database | Mikrobielle biokatalytische Reaktionen, Biotransformationen und Abbauwege von Xenobiotika und anderen chemischen Verbindungen | http://umbbd.msi.umn.edu/ |
| Soybase | Stoffwechselwege in Glycine max (Sojabohne) | http://cgsc.biology.yale.edu/metab.htm |
