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Proteomforschung: Einführung

Datenbanken zur Vernetzung genetischer Daten mit Stoffwechseldaten (Metabolismus-Datenbanken)

Die Erforschung der Stoffwechselwege erlaubt es, durch regulative oder genetische Manipulation des Metabolismus die biotechnologische Produktion in Zellkulturen oder Bioreaktoren zu optimieren. Die Identifizierung und Quantifizierung von niedermolekularen Verbindungen wird für die Analyse des Metabolismus von Pharmaka oder der Ermittlung wasserlöslicher Kontaminationen in biologischen Proben eingesetzt. Mithilfe der NMR-Spektroskopie werden Metabolitflüsse in vivo und in vitro untersucht mit der Absicht, den Metabolismus durch Gentechnik gezielt zu verbessern ("metabolic design").

Tab.1
DatenbankInhaltLinks
MetaboliteInformation über den Metabolismus von organischen Verbindungen und Pharmazeutika (von besonderem Interesse für Pharmazeuten und Mediziner). http://www.akosgmbh.de/Symyx/software/databases/metabolite.htm
ToxicityToxische Eigenschaften von über 145 000 chemischen Stoffen http://www.akosgmbh.de/Symyx/software/databases/toxicity.htm
Comprehensive Medicinal Chemistry (CMC)Datenbank biologisch aktiver Substanzen http://www.akosgmbh.de/Symyx/software/databases/cmc-3d.htm
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)Gene, Genome, Stoffwechselwege, regulatorische Zusammenhänge http://www.genome.ad.jp/kegg/
Ribosomal Database Project II Prokaryontische rRNA-Sequenzen (gegenwärtig 210.059 annotierte 16S rRNA Sequenzen) http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp
ExPASy - Enzymnomenklaturhttp://www.expasy.ch/enzyme/
EcoCycEncyclopädie der E. coli Gene und des Metabolismus dieses Bakteriums http://ecocyc.org/
WITGenome und Stoffwechselwege http://www-unix.mcs.anl.gov/compbio/default.html
The University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation DatabaseMikrobielle biokatalytische Reaktionen, Biotransformationen und Abbauwege von Xenobiotika und anderen chemischen Verbindungen http://umbbd.msi.umn.edu/
SoybaseStoffwechselwege in Glycine max (Sojabohne) http://cgsc.biology.yale.edu/metab.htm
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