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Proteomforschung: Einführung

Sequenzierung mithilfe der Massenspektrometrie

Die Leitersequenzierung

Kleinere Peptide lassen sich direkt sequenzieren, bei größeren Polypeptiden führt die Leitersequenzierung zum Erfolg. Hier wird der Edman-Abbau benutzt, um eine Peptid-Leiter, das heisst einen Satz von Peptiden, zu erzeugen, die jeweils um eine Aminosäure verkürzt sind. Die entsprechenden Massendifferenzen liefern die Aminosäure-Sequenz .

MS-MS-Kopplung

Moderne Massenspektrometer sind modular aufgebaut und können um weitere MS-Bausteine ergänzt werden. Damit ist es möglich einen Peak des ersten Spektrums auszufiltern, ihn z.B. durch Beschuss mit Helium-Atomen zu fragmentieren und das daraus resultierende Massenspektrum aufzunehmen. Diese MS-MS-Kopplung kann mehrfach wiederholt werden. Dadurch lässt sich ein größeres Polypeptid in kleinere Einheiten zerlegen, im Prinzip bis auf die Ebene der einzelnen Aminosäuren.

Abb.1
Erzeugung einer Peptidleiter mit Hilfe der Edman-Chemie
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