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Proteomforschung: Einführung

Genomische Datenbanken

Durch das Human-Genom-Projekt gilt das menschliche Genom seit April 2003 als vollständig entschlüsselt: Human Genome Project Information. Auch eine Vielzahl von anderen Genomen sind bis heute vollständig aufgeklärt, mit wachsender Tendenz. Damit ergibt sich eine Fülle von Informationen, die in gut geführten Datenbanken auf ihre Erschließung warten. Die biochemische und genetische Charakterisierung von Proteinen aus Modellorganismen haben maßgeblich zu einem tieferen Verständnis der Funktion von einzelnen Proteinen, Proteinkomplexen bis hin zu ganzen Protein-Signalwegen geführt. Diese Leistungsfähigkeit von Modellorganismen wie z.B. Saccharomyces cerevisiae (Bäckerhefe), Caenorhabditis elegans (Fadenwurm) oder Drosophila melanogaster (Taufliege) hat sich immer wieder bestätigt durch viele Beispiele der Konservierung von Protein-Funktionen zwischen diesen Organismen und dem Menschen.

Tab.1
Genomische Datenbanken: eine Auswahl
DatenbankInhaltLink
National Center for Genome ResourcesPlattform für verschiedene Programme und Zugang zu Datenbanken, z.B. Genome Sequence DataBase (GSDB) http://www.ncgr.org/
TIG DatabasesEine Sammlung gut gepflegter Datenbanken mit DNA- and Proteinsequenzen und Daten über Genexpression, zellulären Funktionen, Protein-Familien und taxonomischen Daten von Mikroben, Pflanzen und Mensch http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/
MIPS (Munich Information Centre for Protein Sequences)Protein- und Genom-Datenbanken http://mips.helmholtz-muenchen.de/
Sanger centre: Database Search Servicesermöglicht z.B. BLAST-Suchen in einer Reihe von Genom-Datenbanken http://www.sanger.ac.uk/resources/databases/
Bari Bioinformatic Group (BBG)Software und Zugang zu einer Reihe von spezialisierten Datenbanken (z.B. mitochondrialen DNA-Sequenzen) http://www.ebi.ac.uk/
GOBASEOrganellen-Genom-Datenbank (momentan Mitochondrien, später auch Chloroplasten und bestimmte Bakterien als potentielle Vorläufer) http://gobase.bcm.umontreal.ca/
The genome databasechromosomale Strukturierung des Human-Genoms (Kartierungen, Klone, Klonkarten, kartierte Mikrosatteliten-Marker, usw.); die Datenbank wurde von 1999 bis Ende 2002 vom Hospital for Sick Children (HCS) in Toronto, Kanada, übernomen, danach verliert sich die Spur http://www.ttuhsc.edu/Libraries/Databases/db_g-m.aspx
U.S. Livestock Species Genome ProjectsZugriff auf Genom-Datenbanken von Rind, Schwein, Schaf, Huhn, Pferd und Aquakulturen "http://www.animalgenome.org/
Mouse Genome Informatics (MGI) Maus-Genetik und -Genomics http://www.informatics.jax.org/
ZFINZebrafisch-Informationsnetzwerk http://www.zebrafisch.uni-konstanz.de/links.htm
WormBase Datenbank für Caenorhabditis elegans (Fadenwurm) http://www.wormbase.org/
BDGPBerkeley-Genom-Projekt für Drosophila melanogaster (Taufliege) http://www.fruitfly.org/
EMGLib (Enhanced Microbial Genomes Library)Datenbank mit komplett sequenzierten bakteriellen Genomen und dem Hefe-Genom http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
SGDDatenbank für Saccharomyces cerevisiae (Bäckerhefe) http://www.yeastgenome.org/
EcoGeneKollektion von Daten zum E. coli K-12 Genom und Proteom http://ecogene.org/
RsGDB1) Genom-Project für das Purpurbakterium Rhodobacter sphaeroides (PDF-Artikel) http://mmg.uth.tmc.edu/sphaeroides/(Anm. der Red.: Webseite nicht mehr verfügbar.)
CyanoBaseGenom-Datenbank für Cyanobakterien, wie beispielsweise Synechocystis sp. PCC 6803 http://bacteria.kazusa.or.jp/cyanobase/index.html
HIV Sequence DatabaseDatenbank für HIV (Humanes Immunschwäche-Virus, engl. "human immunodeficiency virus") RNA-Sequenzen http://www.hiv.lanl.gov/
MaizeDB, ZmDBGenom-Datenbank für Zea mays (Mais)http://www.maizegdb.org/,
INEGenom-Datenbank für Oryza sativa (Reis) http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html
UK CropNetPlattform für Programme und Datenbanken von Getreidepflanzen http://ukcrop.net/
The Arabidopsis Information Resource (TAIR) Genom- und Literatur-Datenbank für Arabidopsis thaliana (Ackerschmalwand) http://www.arabidopsis.org/
1)RsGDB: Rhodobacter sphaeroides Genome Database
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