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Domänenbewegung bei Proteinen: Scher- und Scharnierbewegungen

Lysozym - der Reaktionsmechanismus

Lysozym ist aus zwei Domänen aufgebaut; das Substrat bindet im Spalt zwischen diesen beiden Domänen. Bei der Substratbindung wird eine Bewegung von 5° ausgeführt, die mit einer Drehbewegung von 2,1° verbunden ist (FlexProt-Kalkulation, Sinha et al., 2001); also eine verhältnismäßig kleine Domänenbewegung im Vergleich zu anderen Proteinen mit Scharnierbewegungen.

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Abb.1

PDB-Code: 1DPX

Abb.2

Der Ligand N-Acetyl-D-glucosamin ist als Kugelmodell, die zentrale Aminosäure der Scharnierregion (Asn59) ist in der "Wireframe"-Darstellung gezeigt. PDB-Code: 1JEF

Literatur

Sinha, N.; Kumar, S.; Nussinov, R. (2001): Interdomain interactions in hinge-bending transitions. In: Structure. 9 , 1165-1181

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