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Gelelektrophorese

Native Polyacrylamid-Gelektrophorese (Native PAGE)

Die native Polyacrylamid-Gelelektrophorese wird üblicherweise unter Bedingungen durchgeführt, unter denen das Protein seine natürliche Konformation behält. In Abhängigkeit von ihrem jeweiligen isoelektrischen Punkt sind die meisten Proteine bei pH-Werten von 8 bis 9 (dem pH-Wert gängiger Laufpuffer) leicht negativ geladen und bewegen sich zur Anode hin, die sich bei Vertikalgelen am Boden befindet. Je mehr negative Ladungen ein Protein unter diesen Bedingungen trägt, desto schneller wird es sich durch das Gel bewegen. Proteine, die bei leicht alkalischem pH-Wert eine positive Nettoladung haben, bleiben im Kathodenpuffer und wandern zur Kathode. Diese positiv geladene Proteine lassen sich aber auftrennen, indem bei Verwendung eines neutralen Puffersystems Anode und Kathode des Elektrophoresesystems vertauscht werden.

Im Gegensatz zur SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese, bei der Proteine nur anhand ihrer Größe aufgetrennt werden, erfolgt bei der nativen Gelelektrophorese eine Trennung nach Ladung und Größe des Proteins. Die native PAGE wird besonders dann eingesetzt, wenn multimere Proteine bzw. Proteinkomplexe im Gel detektiert werden oder wenn nach der Elektrophorese Aktivitätsassays mit dem Protein durchgeführt werden sollen. Zur Bestimmung der molekularen Masse eines Proteins eignet sich die native PAGE allerdings nicht, da die Wanderungsgeschwindigkeit des nativen Proteins auch u.a. von seiner Konformation abhängt.

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