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Molecular Modelling

De novo-Drug-Design: die Entwicklung neuer Arzneimittel

Wenn die Struktur des aktiven Zentrums eines Enzyms oder die Bindungsstelle eines Liganden im Protein bekannt ist, lassen sich neue Liganden synthetisieren, die die Bindungsstelle optimal ausfüllen (de novo-Design). Dabei sind es hauptsächlich drei Verfahren, die hier angewendet werden:

  • 3D-Datenbanken werden nach allen Molekülen oder auch Molekülfragmenten durchsucht, die zu der Bindungsstelle im Enzym oder dem aktiven Zentrum komplementär sind und die passenden sterischen und elektrochemischen Eigenschaften aufweisen.
  • Verschiedene einzelne Fragmente von möglichen Liganden werden in das aktive Zentrum oder die Bindungstasche eingefügt, bis die Wechselwirkung zwischen Protein und Ligand optimal ist. Die einzelnen Fragmente werden dann zu einem Molekül verbunden.
  • Ab initio-Konstruktion eines neuen Liganden.
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