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Homologie-Modellieren von Proteinen

Das Homologie-Modelling von Proteinen

Die Hydrolasen Trypsin, Chymotrypsin und Thrombin gehören zur Familie der Serin-Proteasen. Diese drei Enzyme weisen sehr ähnliche 3D-Strukturen auf. Vergleicht man die Aminosäure-Sequenzen dieser Proteasen, so ist ihre Verwandtschaft auf den ersten Blick offensichtlich, wie die folgenden Ausschnitte aus den drei Primärstrukturen zeigen:

Abb.1

Die mit einem Stern * markierten Aminosäuren His und Asp (der dritte Rest, ein Ser, ist nicht mehr im Bild) stellen zwei von drei essentiellen Seitenketten der aktiven Zentren der Enzyme (katalytische Triade) dar.

Mouse
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Mouse
Abb.2
Trypsin aus Salmon salar

PDB-Code: 1A0J

Abb.3
Chymotrypsin von Bos taurus

PDB-Code: 1AB9

Abb.4
Thrombin von Homo sapiens

PDB-Code: 1A2C

Auf einer derartigen Ähnlichkeit verwandter Proteine basiert das Homologie-Modelling.

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