Der Unterschied zwischen dem normalen PrPc- und dem veränderten Prion-Protein PrP* wurde vor allem in biochemischen Tests offensichtlich.
In SDS-Polyacrylamid-Gelen weisen beide Proteine eine molekulare Masse von 33.000-35.000
Das Prion-Protein des in der Forschung häufig verwendeten Syrischen Goldhamsters (PrP 23-231) besteht aus 209 Aminosäuren und wird posttranslational modifiziert. An zwei Asparagin-Seitenketten ist das Protein glycosyliert, am C-Terminus wird ein Phosphatidylinositol-Glycolipid (GPI-Anker) angeheftet, mit dem das Protein an der äußeren Zellmembran verankert ist.
Das normale (zelluläre) Prion-Protein PrPc wird durch Vermittlung eines Chaperons zunächst entfaltet. Danach geht ein Teil der α-Helices im PrPc unter Anwesenheit von infektiösem Prion-Protein (PrP*) in die β-Faltblatt-Konformation über, indem PrP* als Matrize für diese Modifikation wirkt.
So erklärt sich auch der Dominoeffekt, bei dem mehr und mehr Proteine in PrP* umgewandelt werden.