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Molecular Modelling beim Wirkstoffdesign

PharmaziePharmazeutische ChemieWirkstoffdesign

Das molekulare Modellieren (Molecular Modelling) umfasst verschiedene, meist computerbasierte Methoden und Techniken für die Herleitung, Darstellung und Manipulation dreidimensionaler chemischer Strukturen und daraus abgeleiteter physikochemischer Moleküleigenschaften sowie für die Modellbildung chemischer Reaktionen. Da die meisten Moleküle flexible Systeme sind, die verschiedene, energetisch gleichwertige Zustände einnehmen können, ist bereits das Modellieren einzelner Moleküle keineswegs trivial und verlangt eine erhebliche Rechenleistung. Noch komplexer ist die Modellbildung und Simulation von Bindungsprozessen, da hier sowohl die Besonderheiten des Targets als auch der untersuchten Liganden sowie des Mediums bzw. Lösungsmittels, in dem die Reaktion abläuft, berücksichtigt werden müssen. Aus diesem Grund stellen die berechneten Modelle einen Kompromiss zwischen möglichst realistischen Parametern und notwendigen Vereinfachungen bzw. Annäherungen an die realen Verhältnisse dar. So werden zur Simplifizierung von Energieberechnungen z.B. die Moleküle analog zu makroskopischen Körpern mit einer bestimmten Oberfläche und Volumen visualisiert und Reaktionen meist unter den so genannten "idealen Bedingungen" (z.B. im Vakuum) berechnet.

Autor

  • Prof. Dr. Alfred Maelicke
  • Dr. Thomas Waßmer

Lernziel

  • Kennenlernen der Techniken und Methoden des Molecular Modellings
  • Kennenlernen der wichtigsten Software

Wichtige Schlüsselworte in dieser Lerneinheit

Molecular Modeling, 3D-Struktur, Konformation, Docking, genetischer Algorithmus, Quantenmechanik, Born-Oppenheimer-Näherung, Schrödinger-Gleichung, Hartree-Fock-Verfahren, Quantenchemie, Van-der-Waals-Kräfte, Computersimulation, Trajektorie, Newton'sches Gesetz, Torsionswinkel, trans, Wahrscheinlichkeitsrechnung, Stochastik