Das Enzym besteht aus zwei Untereinheiten, die jeweils ein aktives Zentrum enthalten. Im aktiven Zentrum ist das Coenzym NADH gebunden. Das aktive Zentrum der ADH enthält ein Zink-Ion, das an die Schwefel-Atome zweier Cystein-Reste und das Stickstoff-Atom eines Histidin-Restes gebunden ist. Zn2+polarisiert die Carbonyl-Gruppe des Substrats und stabilisiert so den Übergangszustand bei der Katalyse.
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Das Enzym ist ein gutes Beispiel für eine ganze Klasse von Oxidoreduktasen, die NAD+ als Cofaktor benutzen und strukturelle Ähnlichkeiten im katalytischen Zentrum besitzen.