SV40-Viren haben ein zirkuläres doppelsträngiges DNA-Genom mit einer Länge von 5.243 Basenpaaren. Insgesamt sechs Gene werden durch dieses kleine DNA-Genom codiert, was nur durch überlappende Sequenzen möglich ist. Im Partikel liegt die DNA in einer superhelicalen Form (supercoiled) vor, die mit vier zellulären Histonen (H2A, H2B, H3, H4) als Nucleosomen assoziiert ist.
Das Genom lässt sich nach dem Zeitpunkt der Expression in zwei Bereiche einteilen. Der frühe Bereich codiert für die T-Antigene, der späte Bereich für die Strukturantigene (VP1-3). Der Replikationsursprung (ori) ist von einer nicht-codierenden Sequenz umgeben, die die Transkription kontrolliert.
