Die SV40-Viren sind nichtbehüllt, haben eine Durchmesser von 45 nm und ein ikosaedrisches Capsid, das aus den drei viralen Strukturproteine VP1 (Hauptkomponente), VP2 und VP3 besteht. VP2 und VP3 kommen nur in geringen Mengen vor und sind für den geordneten Zusammenbau der verschiedenen Komponenten verantwortlich. In jedem Partikel findet man 72 Kapsomere, die aus pentameren Komplexen des VP1-Proteins bestehen. Das virale Genom ist im Inneren der ikosaedrischen Capside enthalten.