Bei der touchdown-PCR wird die Spezifität der Primer-Bindung durch zyklusweise Annäherung der Annealing-Temperatur an die zu erwartenden Schmelztemperatur des Primers (Tm) erhöht.
Wenn die Annealing-Temperatur über der zu erwartenden Tm gewählt wird, binden die Primer ausschließlich und damit hochspezifisch an die DNA. So werden Primer-Dimere und Artefakte verringert, und es vermehrt sich vorzugsweise das gewünschte Amplikon.