Prolongations-PCR
Die Prolongations-PCR ist eine Methode, bei der der letzte Schritt eines jeden Zyklus velängert wird. Dies soll den allelic drop out-Effekt, also den Abbruch der Synthese vor Erreichen des Endproduktes, verhindern. Verlängert man die Elongationsphase proportional zur Abnahme an aktiven Enzymen, Template und dNTPs, so wird der Endpunkt stets erreicht, und alle Kopien des Gens haben dieselbe Chance, amplifiziert zu werden. Die Synthese gewinnt an Effizienz, und auch längere DNA-Fragmente werden vervollständigt. Diese Methode wird vornehmlich bei heterogenen DNA-Gemischen verwendet. Sie wird vor allem genutzt, wenn zwei Polymerasen gleichzeitig eingesetzt werden wie z.B. bei dem EXPAND-PCR-System von ROCHE. Dabei sorgt eine Polymerase für eine schnelle Synthese und die andere für die Qualitätskontrolle mittels proofreading.
Der allelic drop out-Effekt: In einem heterogenen DNA-Gemisch, wie z.B. bei forensischen Bestimmungen, sind bestimmte Allele unterschiedlich häufig vertreten. Da die PCR exponentiell amplifiziert, kann diese Ungleichverteilung so sehr verstärkt werden, dass das geringer konzentrierte Allel im Verhältnis so geringer Konzentration vertreten ist, dass es nicht mehr zu detektieren ist.
Die Prolongations-PCR ist eine Methode, bei der durch Verlängerung der Elongationphase der allelic drop out-Effekt vermieden werden soll.
