Das besondere Markenzeichen der Polymerase-Kettenreaktion ist ihre Variabilität. Was zunächst als eine starre Methode erscheint, lässt sich den unterschiedlichsten Anforderungen und Reaktionsbedingungen anpassen. Dabei kann an fast jedem Punkt im Zyklus variiert werden. So lässt sich bei der touchdown-PCR die Annealing-Temperatur für die primäre Anlagerung an das Template stufenweise verändern, um innerhalb eines vorgegebenen Bereichs die unbekannte richtige Temperatur zu erreichen. Die Ausbeute lässt sich durch gezielte Verlängerung der Endphase (Prolongations-PCR) deutlich steigern. Durch den hot start kann man Artefakte während der Aufheizphase vermindern. Und schließlich kann man durch die RT-PCR sogar RNA als Template einsetzen. Das sind nur vier Bereiche, die dazu beitragen, dass heute jedes molekularbiologische Labor die PCR anwendet.
