Die PCR läuft in drei Phasen ab. Zunächst wird das Template bei 94-95
Dieser Vorgang wird hier in einer Animation verdeutlicht. Das Ausgangsmaterial, schwarze Balken mit zwei Haken, liegt in wenigen Kopien vor. Dann bildet sich das Verlängerungsprodukt (Primer plus grüne Balken mit Haken). Schließlich bildet sich das Endprodukt (Primer plus grüne Balken ohne Haken). Während die Menge an Ausgangsmaterial konstant bleibt und das Verlängerungsprodukt linear zunimmt, wächst die Menge an Endprodukt exponentiell.