Grundsätzlich ist die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) die zyklische Wiederholung von jeweils drei Schritten, die in einem genau definierten Zeitintervall bei einer definierten Temperatur ablaufen. Ein typischer Zyklus ist in 120 Sekunden durchgeführt, eine PCR läuft üblicherweise über 25 bis 30 Zyklen. Die drei Schritte eines Durchgangs umfassen:
die Denaturierung: Aufschmelzen der DNA (Template) bei etwa 92
das Primer-Annealing: Anlagerung der Primer an das Template bei 50-60
und die Primer-Extension: Verlängerung der Primer bei 72