Das Template (Matrize oder Muster) ist eine Nucleinsäure-Sequenz. Dabei kann es sich sowohl um DNA als auch um RNA handeln, die einzelsträngig oder doppelsträngig sein kann. Wenn RNA als Template verwendet wird, muss zuerst eine reverse Transkription - das Umschreiben von RNA in DNA - durchgeführt werden. Das Template ist die Vorlage, die durch die PCR amplifiziert werden soll.
Das Template kann in sehr geringen Konzentrationen eingesetzt werden. Die Ausbeute einer PCR ist stark von der Qualität des Templates abhängig. Je nachdem, wie spezifisch das Ergebnis der PCR sein muss, sollte ein besonders oder weniger reines Template eingesetzt werden, denn nur dann stehen Aufwand und Nutzen in einem ausgewogenen Verhältnis zueinander. Phenol, Chloroform, EDTA, ionische Detergenzien (SDS, Sarkosyl), Ethanol oder Farbmarker aus der Agarose-Gelelektrophorese wie Bromphenolblau in der DNA-Präparation können die PCR-Reaktion inhibieren. Auch ganze Zellen können für die PCR verwendet werden, wie beispielsweise Blut, Sperma oder Haarwurzeln bei forensischen Untersuchungen.
