In der klassischen pränatalen Diagnostik, z.B. zur Bestimmung möglicher Trisomien, lässt sich aus der Chromosomenanalyse auch das Geschlecht der Föten erkennen. Allerdings dauert dieses Verfahren sechs Wochen, weil die Zellen synchronisiert sein müssen, um zum richtigen Zeitpunkt der Zellteilung die kondensierten Chromosomen sichtbar zu machen. Es handelt sich dabei um ein besonders aufwendiges Verfahren. Will man nur das Geschlecht des Fötus bestimmen, so ist das mit Hilfe der PCR an einem Tag möglich. Da nur die männlichen Zellen das Y- Chromosom besitzen, benutzt man ein Y-spezifisches Primerpaar und als interne Kontrolle ein Primerpaar aus so genannten repetitiven Einheiten, den Alul-Elementen. Das sind Bereiche, die allein auf Grund der Häufigkeit mit höchster Wahrscheinlichkeit bei allen Menschen gleich sind bzw. bei denen der eine oder andere Punktaustausch nicht ins Gewicht fällt. Die Methode selbst wird wie eine Standard-PCR durchgeführt.
