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Vorbereitung zum gentechnischen Praktikum

Das Agarose-Gel

Agarose-Gele werden vorwiegend für die Analyse von Nucleinsäuren im Größenbereich zwischen 0,1 und 20 kb eingesetzt. Die Konzentration der Agarose richtet sich dabei nach der Größe der Nucleinsäure: je kleiner die aufzutrennende DNA oder RNA ist, desto kleiner müssen auch die Poren des Agarose-Gels sein (siehe Tabelle).

Abb.1
Agarose-Gel

Für die Herstellung eines Agarose-Gels wird ein Kunststoffschlitten an den beiden offenen Seiten mit Gewebeband abgeklebt. In die üblicherweise verwendeten Kunststoffträger können, je nach gewünschter Trennstrecke und Probenvolumen, ein oder mehrere Kämme mit unterschiedlicher Spaltbreite eingesetzt werden. Das Gemisch aus Agarose in Elektrophorese-Puffer wird erhitzt, bis die Agarose vollständig gelöst ist, auf ca. 50 °C abgekühlt und in den Schlitten gegossen. Dann werden die Kämme eingesteckt. Sobald das Gel ausgehärtet ist, können Klebesteifen und Kämme entfernt und das Gel für eine Elektrophorese verwendet werden.

Übliche Agarose-Konzentrationen und ihre Anwendung

Zur Trennung von sehr kleinen DNA-Fragmenten zwischen 40-500 bp werden 7,5 %ige Polyacrylamid-Gele in vertikalen Elektrophorese-Apparaturen verwendet (Polyacrylamid-Gelelektrophorese).

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