zum Directory-modus

Proteinmodellierung (Helix)

Der Chou-Fasman-Algorithmus

Als Eingabe dient allein die Aminosäure-Sequenz eines Proteins, die man entweder aus der entsprechenden Gensequenz ablesen oder durch Protein-Sequenzierung bestimmen kann. Den einzelnen Aminosäuren wird ein Index zugeordnet, der Auskunft darüber gibt, wie häufig sich diese Aminosäure in einer Helix oder in einem Faltblatt findet (1 = Durchschnittswert).

Für die α-Helix und das β-Faltblatt wird nun jeweils in einer Gruppe von zusammenhängenden Aminosäuren ein Durchschnittswert errechnet. Für Helices beginnt man dabei stets mit sechs, bei Faltblättern mit nur drei zusammenhängenden Aminosäuren. Wird dabei ein gewisser Schwellenwert überschritten, so erweitert man den Abschnitt in beide Richtungen solange, bis man auf eine Aminosäure stößt, die nur sehr selten in einer Helix bzw. einem Faltblatt gefunden wurde.

Im Kapitel "Ausführung" werden die einzelnen dazugehörigen Schritte detailliert beschrieben. Lassen sich Bereiche des Proteins weder einer Helix noch einem Faltblatt zuordnen, so spricht man von einem Coil. Eine Besonderheit stellt der so genannte β-Turn dar. Es ist der Bereich, der dafür zuständig ist, dass sich zwei aufeinanderfolgende Helices oder Faltblattbereiche um 180° zurückfalten. Da sie stets noch Teil der angrenzenden Strukturen sind, werden sie bei der Indexberechnung nicht noch einmal berücksichtigt.

Seite 12 von 27