Die relativ starre A-Form der DNA geht durch Wasserverlust aus der B-Form hervor. Die Basen stehen in einem Winkel von ca. 70 ° zur Helix-Achse. Dadurch wird die große Furche zwar enger aber auch tiefer. Bei der A-Form liegt das C3´-Atom oberhalb der Ebene aus C4´ - Ringsauerstoff (04´) - C1´. Man spricht deshalb von einer C3´-endo-Konformation. Dieses bewirkt eine Veränderung der Lage der Phosphodiester-Bindung und führt damit zu einer Winkeländerung der Basen zur Helix-Achse. Auf die Exo-/Endo-Konformationen wird in dem Kapitel Nucleinsäuren - Mononucleotide ausführlich eingegangen.
Eine Detailansicht der Struktur der A-DNA befindet sich im DNA-Tutorial.