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Repräsentation chemischer Reaktionen

RXNfile für Reaktionen

Das RXNfile ist eine Erweiterung des Molfiles, speziell für Reaktionen. Jedes RXNfile enthält die Strukturinformation der Reaktanten und der Produkte einer einzelnen Reaktion. Im Gegensatz zum Molfile werden hier nach einem Header-Block die einzelnen Reaktanten bzw. Produkte nacheinander aufgelistet. Im Header-Block sind vier Zeilen vorgesehen, die erste Zeile zur Identifikation der Datei als Reaktionsfile, die zweite Zeile bleibt leer, Programminformationen (Version, Datum, etc.) stehen in der dritten Zeile und in der vierten Zeile evtl. zusätzliche Kommentare. Zwischen Header-Block und den Molfiles der einzelnen Verbindungen steht eine "Reaktanten/Produkt"-Zeile, die die Anzahl der Edukte und Produkte angibt. Im Anschluss daran werden die einzelnen Molfiles der Verbindungen durch Trennzeichen ($MOL) separiert und in der Reihenfolge der Reaktion (erst Edukte, dann Produkte) aufgeführt.

CH3-I+ H-Br CH3-Br+ H-I
Abb.1
Die SN2 Reaktion von Methyliodid und Bromwasserstoff und das dazugehörige RXNfile
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