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Repräsentation chemischer Reaktionen

Reaktionen im Molfile

Neben einzelnen Strukturen können im Molfile auch einfache Reaktionen in der Bindungsliste codiert werden. Dass das Molfile Strukturen einer Reaktion enthält, wird sowohl in der sogenannten "Counts Line", dem Atomblock, als auch im Bindungsblock angezeigt. In der Counts Line wird ab der 7. Spalte die Anzahl an Reaktionskomponenten (zuzüglich +1), die Anzahl der Reaktanten, die Anzahl der Produkte und die Anzahl der Intermediate aufgelistet. Im Atomblock wird in der 12. Spalte der Typ der Reaktionskomponente (1=Reaktant, 2=Produkt und 3=Intermediat) und in der 13. Spalte die Nummer der Reaktionskomponente (0 bis n-1) der entsprechenden Verbindung in der Bindungsliste zugeordnet.

CH3-I+ H-Br CH3-Br+ H-I
Abb.1
Die SN2 Reaktion von Methyliodid und Bromwasserstoff und das dazugehörige Molfile

Weiterhin kann der Status des Reaktionszentrums (0=nicht gekennzeichnet, 1=Zentrum, -1=kein Zentrum, 2=kein Wechsel, 4=Bindungsbruch/-bildung, 8=Änderung der Bindungsordnung) in der 7. Spalte des Bindungsblocks hinzugefügt werden.

Eine ausführliche Beschreibung des MDL-Molfiles ist unter MDL Information Systems, Ltd. zu finden ("MDL File Formats" PDF: 645 KB/100 Seiten zum downloaden).

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