Probenmengen

Die zur Aufnahme eines Massenspektrums benötigte Substanzmenge ist im Vergleich zu anderen Methoden der Strukturaufklärung sehr gering. Im Routine-Betrieb werden maximal 100 $\text{µg}$ benötigt. Spurenanalyse ist bis in den $\text{pg}$- (10^-9) und $\text{fg}$-Bereich (10^-15) möglich, dafür werden spezielle Techniken angewandt.

Aus der hohen Empfindlichkeit der Massenspektrometrie ergibt sich, dass auch kleinste Verunreinigungen der Probe (z.B. aus Lösungsmitteln, von Apparaturen zur Probenvorbereitung oder von den Händen des Analytikers) in den Spektren sichtbar werden können. Einige typische Verunreinigungen sind unter Lösungsmittelreste und Verunreinigungen im Einlass-System zu finden.