zum Directory-modus

Moleküldynamik - Einführung

Moleküldynamik: Lösen der Newton`schen Bewegungsgleichungen

Die Trajektorie des Molekülsystems wird in der Moleküldynamik ermittelt durch gleichzeitige Integration der Newton`schen Bewegungsgleichungen aller Atome des Systems. Die Trajektorie sollte hinreichend lang sein (genügend Zeitintervalle), um ein repräsentatives Ensemble darzustellen.

Das numerische Verfahren, das häufig dafür verwendet wird, ist die Leapfrog-Methode, bei der jeweils die Geschwindigkeit und die Ortskoordinate als Funktion der Zeit mit Hilfe des verwendeten Kraftfeldes, der vorherigen Geschwindigkeit und der vorherigen Ortskoordinate ermittelt werden. Man wählt äquidistante Zeitintervalle aus und berechnet die Ortskoordinaten an den Intervallgrenzen, die Geschwindigkeiten in der Intervallmitte. Das lässt sich durch die Leapfrog-Methode verdeutlichen.

Seite 3 von 10