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Moleküldynamik - Einführung

Moleküldynamik: Einführung

Das Grundproblem bei der Modellierung und Simulation von Molekülen ist, den Konformationsraum möglichst effizient nach den Bereichen niedrigster Energie zu durchsuchen.

Hinzu kommt, dass die meisten größeren Moleküle keine starren, sondern flexible Gebilde sind. Die makroskopischen Eigenschaften lassen sich nicht durch eine oder wenige starre Konformationen erklären, sondern durch die Anwendung der statistischen Thermodynamik auf den gesamten Konformationsraum.

Eine Simulation erfordert, dass man sich zunächst für ein Molekülmodell (Molekülmechanik oder Quantenmechanik) entscheidet. Wenn man sich für das molekülmechanische Modell entschieden hat, muss man im zweiten Schritt das Kraftfeld (MMX, Sybyl,...) festlegen. Anschließend muss eine Wahl bezüglich der Methode getroffen werden, mit welcher der Konformationsraum durchsucht werden soll (Moleküldynamik, Monte-Carlo-Simulation oder das Verfahren der Distanzgeometrie).

Abb.1
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