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Die PCR in der Praxis

Die nested-PCR

Die nested-PCR (verschachtelte PCR) ist eine Methode, um die Spezifität der Polymerase-Kettenreaktion zu erhöhen. Bei einer PCR entstehen oft unerwünschte Produkte, wenn die Primer nicht optimal gewählt sind oder auch an anderen Stellen auf der DNA binden können. Das Resultat ist in diesem Fall ein Gemisch aus verschiedenen PCR-Produkten.

Bei der nested-PCR wird nach einer ersten Amplifikation eine kleine Menge des entstandenen PCR-Produktes (bzw. des Gemisches verschiedener Produkte) entnommen und gleich noch einmal für eine zweite PCR mit anderen Primern verwendet. Die neuen Primer binden auf dem gewünschten DNA-Abschnitt weiter innen als die ersten beiden Primer, so dass in diesem zweiten Schritt nur noch die DNA-Moleküle des ersten Schritts amplifiziert werden, die diese zweiten Primer-Bindungsstellen ebenfalls enthalten. Alle unspezifischen PCR-Produkte aus der ersten Reaktion werden nicht mehr amplifiziert.

Im ersten Schritt wird die PCR mit der Template-DNA nur über wenige Zyklen durchgeführt. Die sich dann anschließende PCR mit dem zweiten Primer-Paar erfolgt dann unter üblichen Bedingungen.

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Abb.1
Animation zum Temperaturprofil der nested-PCR
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