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Einführung in die PCR

Reaktionsparameter der PCR

Die PCR1) wird heute fast ausschließlich mit industriell erhältlichen Kits durchgeführt. Nur noch selten werden die Materialien für spezielle Anwendungen im Labor selbst hergestellt. Diese PCR-Kits sind in der Regel sehr robust konzipiert, d.h. für die meisten Anwendungen sind diese Kits ohne weitere Anpassung der Reaktionsparameter einsetzbar. Der Puffer im PCR-Kit wird in Form eines so genannten Master-Mixes bereitgestellt, d.h. in einer Mischung, die alle für eine PCR notwendigen Komponenten (bis auf Primer und Template-DNA) enthält und die eine optimale DNA-Polymerase-Konzentration vorgibt. Oft ist der Master-Mix spezifisch für die jeweils verwendete Gerätesorte: werden z.B. Glaskapillaren eingesetzt, muss der Puffer ein Protein wie BSA2) enthalten, damit die DNA nicht an die Glasoberfläche bindet. Die wichtigsten Kriterien für eine PCR sind neben der möglichst einfachen Handhabbarkeit des Kits vor allem:

  • Spezifität,
  • Sensitivität,
  • Effektivität und
  • Reproduzierbarkeit.

Für spezielle Anwendungen ist mitunter eine Anpassung der einzelnen Parameter erforderlich, wenn beispielsweise die Spezifität nicht gegeben ist, in der PCR mehr als nur das gewünschte Produkt synthetisiert wird oder die Effektivität zu gering ist. Neben Parametern wie der Pufferzusammensetzung und der Konzentration von Primern bzw. Template-DNA sind es oft die Reaktionsbedingungen, die optimiert werden müssen, z.B. Inkubationszeit und Temperatur.

Auf den folgenden Seiten wird auf den Einfluss dieser Parameter auf den Erfolg einer PCR näher eingegangen.

1)PCR: polymerase chain reaction
2)BSA: Rinder-Serumalbumin
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