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MO-Methoden: MOPAC-Beispiele (Z-Matrix) Ethanol

MOPAC Inputdatei für die Struktur-Optimierung von Ethanol

Nach den nötigen Keyords (siehe folgende Seiten), die die Art der Berechnung und den Output vorgeben, kann optional ein Text eingegeben werden. Es folgen die Strukturdaten des zu berechnenden Moleküls, in Form einer Z-Matrix der so genannten inneren Koordinaten. Dabei wird jedes Atom durch sein Symbol oder seine Ordnungszahl, einen Bindungsabstand, einen Bindungswinkel und einen Torsionswinkel, zu bereits beschriebenen Atomen, charakterisiert; das Tripel von Bezugszentren wird zu jedem Atom aufgeführt. Für die ersten drei Zentren gilt eine spezielle Eingabe, die die Struktur in Bezug zum Koordinatensystem festlegt. Für jeden der (3N-6) Struktur-Freiheitsgrade kann durch Angabe einer Ziffer (1, 0 oder -1) festgelegt werden, wie dieser Freiheitsgrad (optimiert, festgehalten oder als Reaktionskoordinate) zu behandeln ist.

Input-Beispiel Ethanol

Abb.1
Ethanol

Es folgt die Input-Datei (Orientierung vgl. obige Abb.):

 PM3 PRECISE VECTORS FORCE COMPOUND: Ethanol PM3-Hamiltonian C C 1.5 1 O 1.3 1 109 1 H 1.1 1 109 1 180 1 1 2 3 H 1.1 1
                        109 1 300 1 1 2 3 H 1.1 1 109 1 60 1 2 1 4 H 1.1 1 109 1 300 1 1 2 6 H 1.1 1 109 1 180 1 2 1 7 H 0.9 1 109 1 180 1 3
                        2 1 0 0 0 

Die Keywords haben folgende Bedeutung:

  • PM3 - Hamiltonian in PM3-Näherung
  • PRECISE - die Berechnungen werden mit einer erhöhten Genauigkeit durchgeführt
  • VECTORS - es werden die Eigenvektoren (d.h. die MOs) aufgelistet
  • FORCE - nach Berechnung der Force Constant Matrix (zweite Ableitungen) folgt eine Schwingungsanalyse: FG-Matrix, Diagonalisierung, daraus folgen Eigenwerte und Eigenvektoren (Normal Modes) der Molekülschwingungen.
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