Proteinmodellierung (Helix)
Die Peptidbindung ist planar
Die repetitive Einheit in einem Peptid wird von einem α-Kohlenstoff-Atom (αi) zum nächsten α-Kohlenstoff-Atom (αi+1) definiert. Sie wird (-CHR-CO-NH-) abgekürzt, um sie von der Aminosäure-Einheit -NH-CHR-CO- zu unterscheiden. Bedingt durch die Mesomerie der Carbonsäureamid-Gruppe befinden sich das Cα-, CO-,N- und H-Atom nahezu in einer Ebene. Die folgende Abbildung zeigt die an der Peptidbindung beteiligten Orbitale.
Die Verdrehung dieser Ebene gegen die Ebene des darauf folgenden Restes wird nach Konvention durch zwei Torsionswinkel beschrieben (vgl. Abb. 2). Der Torsionswinkel φ steht für eine Drehung um die HCα-NH-Bindung und der Torsionswinkel ψ für eine Drehung um die Cα-CO-Bindung. Eine Verdrehung innerhalb der Ebene wird durch einen dritten Winkel ω beschrieben. In erster Näherung ist jedoch ω = 180°, d.h. die Cα-CO-Bindung steht trans zur nächsten Cα-N-Bindung. Mit anderen Worten, die Ebene der Peptideinheit ist planar.
- Hinweis
- Das Grundgesetz der Proteinstruktur besagt: Die Ebene der Peptidbindung ist planar.