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Tutorial MenueStrukturvorhersagen bei ProteinenLerneinheit 3 von 3

Proteinmodellierung (Helix)

Die Rotationswinkel in der Peptideinheit

Zur Beschreibung gemäss den IUPAC-Regeln befinden sich alle Gruppen coplanar in der C=O-Cα-N-Ebene, die in der folgenden Abbildung der Zeichenebene entspricht. In dieser Standardkonformation bilden die Atome C=O, Cα und N einen Winkel von 110°.

Klicken Sie auf die Abbildung, um eine entsprechende Animation zu starten.

Abb.1
Rotationswinkel

Der Winkel φ beschreibt die Drehung des am N-Atom befindlichen Restes um die N-Cα-Achse. Wenn sich die N-H- Bindung in trans zur Cα-C=O- Bindung befindet, wird φ gleich 0°.

Der Winkel ψ beschreibt die Drehung des Restes am C=O um die N-Cα -Achse. Befindet sich die C=O-Bindung in trans zur Cα-N-Bindung, ist ψ gleich 0°.

Zur Charakterisierung einer möglichen Verdrillung der Bindungsebene der Peptidbindung wird der Winkel ω definiert. Er ist gleich null, wenn die Cα-C=O-Bindung incis zur nächstfolgenden Cα-N-Bindung steht.

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