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Tutorial MenueStrukturvorhersagen bei ProteinenLerneinheit 3 von 3

Proteinmodellierung (Helix)

Ausführung

Die Vorhersagemethode nach Chou und Fasman ist eine sehr einfache Methode, im Prinzip sucht man zunächst nach einem so genannten Keim, also einer Stelle, die mit besonders großer Wahrscheinlichkeit entweder als α-Helix oder als β-Faltblatt vorliegt. Beginnend mit einem solchen Keim schreitet man so lange in beide Richtungen fort, bis man innerhalb von vier aufeinander folgenden Aminosäureresten einen bestimmten Schwellenwert unterschreitet oder auf einen Aminosäurerest stößt, der nur selten in der α-Helix bzw. dem β-Faltblatt vorkommt. Diese Aminosäuren werden starke Helixbrecher bzw. starke Faltblattbrecher genannt. Sie sind in Tabelle 2 dem Bereich Bα bzw. Bβ zugeordnet. Im Einzelnen geht man wie folgt vor:

  1. Analyse der Sequenz nach helicalen Bereichen
  2. Bestimmung von Faltblatt-Bereichen
  3. Mittels der beiden Regeln werden die Bereiche den Sekundärstrukturen zugewiesen.

Für die Berechnung der helicalen Bereiche bzw. der Faltblattbereiche lassen sich zwei Regeln aufstellen: ( [Pα] Wahrscheinlichkeit einer α-Helix, [Pβ] Wahrscheinlichkeit eines β-Faltblatts )

  • Jeder Abschnitt von sechs oder mehr Aminosäureresten, bei dem [Pα] größer oder gleich 1,03 und gleichzeitig [Pα] größer als [Pβ] ist, gilt als α-Helix, wenn zugleich die anderen fünf Bedingungen erfüllt sind.
  • Jeder Abschnitt von drei oder mehr Aminosäureresten, bei dem [Pβ] größer oder gleich 1,05 und gleichzeitig [Pβ] größer als [Pα] ist, gilt als β-Faltblatt, wenn zugleich die anderen fünf Bedingungen erfüllt sind.

Die anderen fünf Bedingungen werden unter "Suche nach Faltblatt-Bereichen", bzw. "Suche nach helicalen Bereich" aufgeführt.

Literatur

Kyte, J.; Doolittle, R. F. (1982): A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. In: J. Mol. Biol.. 157 , 105-132

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