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Tutorial MenueStrukturvorhersagen bei ProteinenLerneinheit 3 von 3

Proteinmodellierung (Helix)

Auswertung der Online-Anfragen

4. Modellierung der Beispielsequenz auf eine Proteinstruktur mit hoher Sequenzhomologie:

Abb.1
α-helicale Darstellung

Zuerst wird die Sequenz des unbekannten Proteins als Textdatei eingeladen. Automatisch generiert das Programm daraus eine α-Helix.

Abb.2
Proteinstrukturen

Dann werden die bekannten Proteinstrukturen (im Beispiel nur eine) hinzugeladen.

Abb.3
Proteinstrukturen

Mittels einer Anpassungsroutine wird die Sequenz über das Protein gelegt. In einem Alignment-Fenster können die übereinandergelegten Sequenzen noch gegeneinander verschoben werden. Dieses Modell der Rohdaten wird nun in einer E-Mail an den Modelling-Server des EMBL in Heidelberg geschickt.

Abb.4
Proteinstrukturen

Der Vorschlag des EMBL-Mailservers ist in (Abb. 3) und (Abb. 4) dargestellt. Man erkennt deutlich die helicalen Bereiche, die nun durch β-Turn-Bereiche unterbrochen sind und aus dem stabförmigen ein globuläres Protein machen.

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