Molekülmechanik: Wasserstoff-Brücken

Für polare Biomoleküle (Proteine, Nucleinsäuren) sind die zusätzlichen Parameter für Wasserstoff-Brückenbindungen wichtig.

Die potenzielle Energie wird beschrieben durch das "10-12-Potenzial", das z.B. im AMBER-Kraftfeld implementiert ist.

C_ij und D_ij sind die Parameter für die Wasserstoff-Brücken zwischen Atom i und Atom j (abhängig von den jeweiligen Atomtypen).