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Tutorial MenueMolecular ModelingLerneinheit 7 von 18

Moleküldynamik - Strategien und Beispiele

Moleküldynamik: Simulated Annealing

Im Allgemeinen führt man Moleküldynamik-Simulationen bei sehr hohen Temperaturen durch, die physikalisch gesehen unrealistisch sind. Die kinetische Energie, die dem System dadurch zugeführt wird, erleichtert es, den Konformationsraum komplett zu durchsuchen. Durch die größere Energiemenge können höhere Energiebarrieren überwunden werden.

Annealing ist ein Begriff aus der Kristallisation und bedeutet langsames Abkühlen, um "perfekte" Kristalle zu erhalten. Beim Simulated Annealing setzt man zunächst eine hohe Temperatur fest und wartet, bis sich das thermische Gleichgewicht eingestellt hat. Dann kühlt man ab. Damit werden nach der Maxwell-Boltzmann-Gleichung die Zustände niedriger Energie wahrscheinlicher. Im absoluten Nullpunkt sollte die Konformation des Minimums erreicht werden. Man kann nicht garantieren, dass dieses Verfahren tatsächlich das Minimum liefert, aber die Wahrscheinlichkeit dafür ist hoch.

Abb.1
Simulated Annealing
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