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Tutorial Menue3D-Visualisierung Organischer Reaktionen mit CAVOCLerneinheit 1 von 12

CAVOC - Tool zur 3D-Visualisierung organischer Reaktionen

Schaltfläche "Molecular Surfaces"

In diesem Fenster lassen sich Oberflächen molekülrelevanter Funktionen, z.B. von Orbitalen berechnen und miteinander kombinieren. Gestalt und Größe der Oberflächen hängen vom eingestellten Isovalue ab.

Abb.1
Schaltfläche Molecular Surfaces

Ein anschauliches Beispiel ist die Berechnung des elektrostatischen Potentials der Elektronendichteverteilung. Hierzu wird unter Surface der Menüpunkt Electron Surface ausgewählt und unter Property der Menüpunkt Electrostatic Potential. Über die Schaltfläche Add wird die Berechnung gestartet und es erscheint ein neuer Eintrag in der Tabelle.

Anklicken der Option Visible macht die berechnete Oberfläche im 3D-Hauptfenster sichtbar. Rot symbolisiert elektronenreiche, Grün neutrale und Blau elektronenarme Areale des Moleküls. Über den Schieberegler Transparency lässt sich die Durchsichtigkeit der Oberfläche verändern, so dass das im Innern liegende Ball and Stick-Modell wieder sichtbar wird (Abb. 2) .

Abb.2
Funktionalität Transparency (21 %)
Abb.3
Funktionalität Clipping (z=10)

Clipping: Enabled erstellt eine Schnittfläche durch die Oberfläche in definiertem Abstand zum Betrachter (Abb. 3) . Anklicken des Molekülpiktogramms mit den Doppelpfeil öffnet ein kleines Fenster, in dem dieser Abstand ("z-Location of Clipping Plane") variiert werden kann. Das Verschieben der Schnittfläche wird simultan im 3D-Hauptfenster angezeigt. Nach dem Bestätigen mit "OK" kann das Molekül mit seiner berechneten Oberfläche bei feststehender Schnittfläche wieder bewegt und rotiert werden.

Zur Darstellung der Oberflächen kann zwischen soliden Hüllen (Solid) (Abb. 4) , Gitternetzen (Meshes) (Abb. 5) oder Punktwolken (Dots) (Abb. 6) ausgewählt werden.

Abb.4
Solid-Darstellung
Abb.5
Mesh-Darstellung

Projektion des elektrostatischen Potentials auf die Elektronendichte (Isowert: 0.002)

Abb.6
Dot-Darstellung

Delete löscht die ausgewählte, farblich unterlegte Tabellenspalte.

Close schließt das Fenster.

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