Biochemie, Modelling
Seit einigen Jahren haben sich Protein-Datenbanken mehr und mehr zu einem unentbehrlichen Hilfsmittel in der Forschung entwickelt. Hier wird das verfügbare Wissen über alle Eigenschaften von Proteinen (Aminosäure-Sequenz, Struktur, Funktion, Eigenschaften, Verwandtschaft etc.) gesammelt, sortiert und jederzeit abrufbar zur Verfügung gestellt. Die Protein-Datenbanken bieten über Links auch einen Zugang zu relevanten Veröffentlichungen, zu Nucleinsäuresequenz-Datenbanken und Datenbanken, mit denen sich die hypothetische Konformation eines Enzyms berechnen lässt.
Einige wenige Beispiele: Die an der Universität Genf entwickelte SWISS-PROT (heute eine Sektion von UniProt) umfasste beispielsweise im Oktober 2006 ungefähr 236.000 Sequenzeinträge von mehr als 6.000 verschiedenen Spezies. SWISS-PROT ist eng an die Brookhaven Protein Databank (PDB) gekoppelt (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do), in zur Zeit fast 40.000 Proteinstrukturen gespeichert sind. Datenbanken wie SCOP (structural classification of proteins), CATH (classification by class, architecture, topology and homology) und FSSP (fold classification based on structure-structure alignments of proteins) klassifizieren Proteine nach Sequenz- und Strukturähnlichkeit, während Prosite und Pfam (protein family database) Proteine anhand ihrer Eigenschaften einteilen.