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Konsensus-SequenzZoomA-Z

Fachgebiet - Biochemie, Genetik, Bioinformatik

Dieser Begriff wird in der Bioinformatik, in der Molekularen Biologie und der Biochemie bei Nucleinsäure- / Protein-Sequenzanalysen und -vergleichen verwendet.

Eine Konsensus-Sequenz ist ein Teil einer Gesamtsequenz von DNA-, RNA-oder Protein-Molekülen, welcher sich bei einem Sequenzvergleich mit anderen gezielt oder zufällig (durch so genanntes multiple alignment) ausgewählten Sequenzen als in unterschiedlich ausgeprägten Maße konserviert herausstellt. Dies bedeutet, dass Nucleotide oder Aminosäuren ähnlicher oder identischer Art an gleichen Positionen in miteinander verglichenen Sequenzen unterschiedlicher Moleküle vorhanden sind. Konsensus-Sequenzen sind häufig weit verbreitet und sie definieren z.B bestimmte DNA- oder Protein-Erkennungsregionen, Signal-Sequenzen oder spielen eine Rolle bei der Genexpression.

Um derartige Sequenzabschnitte zu finden, bedarf es so genannter Muster erkennender Software. Mit Hilfe von BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) kann man lokale Sequenzähnlichkeiten identifizieren. Multiple Sequenzvergleiche lassen sich mit den Programmen Clustal W oder T-Coffee durchführen. Diese Programme erlauben es, zu untersuchende multiple Sequenzabschnitte so anzuordnen, dass Identitäten, Ähnlichkeiten und Divergenzen erkannt und markiert werden. Die Sequenzen müssen dabei in einem bestimmten Format eingegeben werden (in der Regel im FASTA-Format, ein Text-Format, das den Einbuchstabencode bei Nucleotiden oder Aminosäuren – lückenlos ohne Satzzeichen - verwendet). Die Programme stehen auf den Servern von NCBI (National Center for Biotechnology Information, USA), dem europäischen Pendant EBI (European Bioinformatics Inst., UK) oder von EXPASY (Expert Protein Analysis System, Schweitzer Inst. für Bioinfomatik) jedem zur Nutzung zur Verfügung (siehe unter NCBI , bzw. EBI und EXPASY).

Siehe auch: Nucleinsäuren , Aminosäuren